Extracts coefficients from an existing SuSiE-inf-RSS fit or fits
susieR::susie_rss() with unmappable_effects = "inf".
Usage
susieInfRssWeights(
stat,
ldReference = NULL,
susieInfRssFit = NULL,
fitRetention = c("slim", "none", "full")
)Arguments
- stat
List with components
z(z-scores),n(sample sizes) and, to check against anldReference,variantNames.- ldReference
Optional LD reference: a genotype panel, a
GenotypeMixtureor anLdMatrix. The fit is checked against the statistics' variants and, with a reference, those variants must also be in it. No LD is read.- susieInfRssFit
Optional pre-fitted SuSiE-inf-RSS object.
- fitRetention
How much of the fit is kept on the returned weights:
"none"attaches nothing,"slim"and"full"attach it as the"fit"attribute. These extractors hold no trimmable intermediates, so the two retaining levels behave alike here.
Examples
data(eqtlRegionExample)
X <- eqtlRegionExample$X[, 1:30]
y <- eqtlRegionExample$yRes
ss <- lapply(seq_len(ncol(X)), function(j) {
coef(summary(lm(y ~ X[, j])))[2, 1:2]
})
stat <- list(
bhat = vapply(ss, `[`, numeric(1), 1L),
shat = vapply(ss, `[`, numeric(1), 2L),
z = vapply(ss, function(s) s[1] / s[2], numeric(1)),
n = rep(nrow(X), ncol(X)))
LD <- cor(X)
fit <- susieR::susie_rss(z = stat$z, R = LD, n = nrow(X), L = 5)
#> HINT: Setting max_iter = 50 for the SuSiE RSS model because slow convergence is often a sign of unstable summary-statistics fitting. To disable this message, explicitly set max_iter = 50 or another value in the susie_rss() call.
susieInfRssWeights(stat, susieInfRssFit = fit)
#> [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> attr(,"fit")
#> $alpha
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32120053:T:C chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G chr22:32121290:C:T
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32123055:A:G chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T chr22:32124049:G:A
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32125308:A:G chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#>
#> $mu
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32120053:T:C chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G chr22:32121290:C:T
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32123055:A:G chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T chr22:32124049:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32125308:A:G chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#>
#> $mu2
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32120053:T:C chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G chr22:32121290:C:T
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32123055:A:G chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T chr22:32124049:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32125308:A:G chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#>
#> $V
#> [1] 0 0 0 0 0
#>
#> $KL
#> [1] 0 0 0 0 0
#>
#> $lbf
#> [1] 0 0 0 0 0
#>
#> $lbf_variable
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32120053:T:C chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G chr22:32121290:C:T
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32123055:A:G chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T chr22:32124049:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> chr22:32125308:A:G chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#>
#> $sigma2
#> [1] 1
#>
#> $pi
#> [1] 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7] 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [13] 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [19] 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [25] 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#>
#> $null_index
#> [1] 0
#>
#> $XtXr
#> [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $converged
#> [1] TRUE
#>
#> $elbo
#> [1] -588.3595 -588.3595
#>
#> $niter
#> [1] 2
#>
#> $X_column_scale_factors
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> 1 1 1 1
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> 1 1 1 1
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> 1 1 1 1
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> 1 1
#>
#> $intercept
#> [1] NA
#>
#> $sets
#> $sets$cs
#> NULL
#>
#> $sets$coverage
#> NULL
#>
#> $sets$requested_coverage
#> [1] 0.95
#>
#>
#> $pip
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> 0 0 0 0
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> 0 0 0 0
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> 0 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> 0 0
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "susie"