Extracts coefficients from an existing SuSiE-ASH-RSS fit or fits
susieR::susie_rss() with unmappable_effects = "ash".
Usage
susieAshRssWeights(
stat,
LD,
susieAshRssFit = NULL,
retainFit = TRUE,
methodArgs = list()
)Arguments
- stat
List with components
z(z-scores),n(sample sizes).- LD
LD correlation matrix.
- susieAshRssFit
Optional pre-fitted SuSiE-ASH-RSS object.
- retainFit
If TRUE, stores the fitted object as an attribute.
- methodArgs
Named list of additional arguments passed to
susieR::susie_rss(). Use this instead of...to avoid partial matching of short argument names (e.g.L) to theLDparameter.
Examples
data(eqtlRegionExample)
X <- eqtlRegionExample$X[, 1:30]
y <- eqtlRegionExample$yRes
ss <- lapply(seq_len(ncol(X)), function(j) {
coef(summary(lm(y ~ X[, j])))[2, 1:2]
})
stat <- list(
bhat = vapply(ss, `[`, numeric(1), 1L),
shat = vapply(ss, `[`, numeric(1), 2L),
z = vapply(ss, function(s) s[1] / s[2], numeric(1)),
n = rep(nrow(X), ncol(X)))
LD <- cor(X)
susieAshRssWeights(stat, LD)
#> HINT: Setting max_iter = 50 for the SuSiE RSS model because slow convergence is often a sign of unstable summary-statistics fitting. To disable this message, explicitly set max_iter = 50 or another value in the susie_rss() call.
#> HINT: SuSiE-ash with z-scores and R only operates on a standardized scale. For best agreement with individual-level analysis, provide bhat, shat, and var_y instead of z-scores.
#> HINT: For SuSiE-ash, slot_prior was not specified; using default Beta(a=1, b=2), roughly expecting ~3 of 10 slots to be active. Set slot_prior = slot_prior_betabinom(a, b) to override; for an uninformative prior use slot_prior_betabinom(1, 1).
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> -5.608721e-04 -5.613086e-04 2.822334e-04 -5.538219e-05
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> -5.540663e-05 -1.905897e-04 -2.618082e-04 3.052499e-04
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> -1.355184e-04 -1.355732e-04 -8.298623e-05 -2.948248e-04
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> -7.018511e-05 -1.180843e-04 -8.300328e-05 3.054773e-04
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> -2.437969e-04 -2.687403e-04 2.409656e-04 -2.688846e-04
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> -2.690174e-04 -1.905623e-04 -2.691854e-04 2.105644e-05
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> -7.041962e-05 -1.906921e-04 -7.259770e-04 -2.254920e-04
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> 1.371798e-04 2.590486e-04
#> attr(,"fit")
#> $alpha
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [6,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [8,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [9,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [10,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32120053:T:C chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [6,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [8,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [9,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [10,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G chr22:32121290:C:T
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [6,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [8,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [9,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [10,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [6,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [8,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [9,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [10,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [6,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [8,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [9,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [10,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32123055:A:G chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [6,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [8,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [9,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [10,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T chr22:32124049:G:A
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [6,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [8,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [9,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [10,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [6,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [8,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [9,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [10,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [6,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [8,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [9,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [10,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32125308:A:G chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> [1,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [2,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [3,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [4,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [5,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [6,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [8,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [9,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [10,] 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#>
#> $mu
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32120053:T:C chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G chr22:32121290:C:T
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32123055:A:G chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T chr22:32124049:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32125308:A:G chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#>
#> $mu2
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32120053:T:C chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G chr22:32121290:C:T
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32123055:A:G chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T chr22:32124049:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32125308:A:G chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#>
#> $V
#> [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $KL
#> [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $lbf
#> [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $lbf_variable
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32120053:T:C chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G chr22:32121290:C:T
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32123055:A:G chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T chr22:32124049:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#> chr22:32125308:A:G chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> [1,] 0 0 0
#> [2,] 0 0 0
#> [3,] 0 0 0
#> [4,] 0 0 0
#> [5,] 0 0 0
#> [6,] 0 0 0
#> [7,] 0 0 0
#> [8,] 0 0 0
#> [9,] 0 0 0
#> [10,] 0 0 0
#>
#> $sigma2
#> [1] 1
#>
#> $pi
#> [1] 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [7] 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [13] 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [19] 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> [25] 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#>
#> $tau2
#> [1] 2.161334e-05
#>
#> $theta
#> [1] -5.608721e-04 -5.613086e-04 2.822334e-04 -5.538219e-05 -5.540663e-05
#> [6] -1.905897e-04 -2.618082e-04 3.052499e-04 -1.355184e-04 -1.355732e-04
#> [11] -8.298623e-05 -2.948248e-04 -7.018511e-05 -1.180843e-04 -8.300328e-05
#> [16] 3.054773e-04 -2.437969e-04 -2.687403e-04 2.409656e-04 -2.688846e-04
#> [21] -2.690174e-04 -1.905623e-04 -2.691854e-04 2.105644e-05 -7.041962e-05
#> [26] -1.906921e-04 -7.259770e-04 -2.254920e-04 1.371798e-04 2.590486e-04
#>
#> $null_index
#> [1] 0
#>
#> $XtXr
#> [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $converged
#> [1] TRUE
#>
#> $slot_weights
#> [1] 0.3333335 0.3333336 0.3333336 0.3333336 0.3333336 0.3333336 0.3333336
#> [8] 0.3333336 0.3333336 0.3333336
#>
#> $convergence_reason
#> [1] "alpha_pip_fixed_point"
#>
#> $ash_pi
#> [1] 9.727352e-01 2.726018e-02 4.661961e-06 1.976437e-10 1.393707e-14
#> [6] 2.592420e-18 1.238787e-21 1.327850e-24 2.781306e-27 1.013343e-29
#> [11] 5.849835e-32 4.969169e-34 5.856611e-36 9.136480e-38 1.816068e-39
#> [16] 4.458356e-41 1.317436e-42 4.586423e-44 1.847407e-45 8.478827e-47
#> [21] 4.376217e-48 2.511574e-49 1.587169e-50 1.095015e-51 8.186172e-53
#>
#> $elbo
#> [1] -589.165 -589.165
#>
#> $niter
#> [1] 2
#>
#> $X_column_scale_factors
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> 1 1 1 1
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> 1 1 1 1
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> 1 1 1 1
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> 1 1
#>
#> $intercept
#> [1] NA
#>
#> $sets
#> $sets$cs
#> NULL
#>
#> $sets$coverage
#> NULL
#>
#> $sets$requested_coverage
#> [1] 0.95
#>
#>
#> $pip
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> 0 0 0 0
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> 0 0 0 0
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> 0 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> 0 0
#>
#> $c_hat
#> [1] 0.3333335 0.3333336 0.3333336 0.3333336 0.3333336 0.3333336 0.3333336
#> [8] 0.3333336 0.3333336 0.3333336
#>
#> $C_hat
#> [1] 3.333336
#>
#> $a_beta
#> [1] 1
#>
#> $b_beta
#> [1] 2
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "susieRss" "susie"