Fit mvSuSiE-RSS on summary-statistic (Z, R, N) data
Source:R/fineMappingWrappers.R
fitMvsusieRss.RdWrapper around mvsusieR::mvsusie_rss. The underlying function was
renamed from mvsusieRss to mvsusie_rss upstream; this wrapper
insulates pecotmr from that naming.
Arguments
- Z
Numeric matrix of Z-scores (variants x conditions).
- R
Variant-by-variant LD correlation matrix.
- N
Scalar sample size (median across conditions when N varies).
- prior_variance
Prior variance matrix.
- coverage
Credible set coverage (default 0.95).
- ...
Additional arguments forwarded to
mvsusieR::mvsusie_rss.
Value
The fit object returned by mvsusieR::mvsusie_rss.
Examples
data(eqtlRegionExample)
X <- eqtlRegionExample$X[, 1:30]
y <- eqtlRegionExample$yRes
ss <- lapply(seq_len(ncol(X)), function(j) {
coef(summary(lm(y ~ X[, j])))[2, 1:2]
})
stat <- list(
bhat = vapply(ss, `[`, numeric(1), 1L),
shat = vapply(ss, `[`, numeric(1), 2L),
z = vapply(ss, function(s) s[1] / s[2], numeric(1)),
n = rep(nrow(X), ncol(X)))
LD <- cor(X)
fitMvsusieRss(Z = stat$z, R = LD, N = nrow(X), prior_variance = 1)
#> Eigendecomposition cache: K=1, common_cov=TRUE [mem: 0.86 GB]
#> Model initialized: J=30, R=1, L=10, K=1 [mem: 0.86 GB]
#> iter ELBO delta sigma2 mem V
#> 1 -588.3595 - diag[1,1] 0.86 GB [0 x 10]
#> 2 -588.3595 0.00e+00 diag[1,1] 0.86 GB [0 x 10] converged
#> $alpha
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> L1 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L2 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L3 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L4 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L5 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L6 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L7 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L8 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L9 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L10 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> L1 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L2 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L3 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L4 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L5 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L6 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L7 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L8 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L9 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L10 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> L1 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L2 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L3 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L4 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L5 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L6 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L7 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L8 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L9 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L10 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> L1 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L2 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L3 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L4 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L5 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L6 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L7 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L8 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L9 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L10 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> L1 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L2 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L3 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L4 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L5 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L6 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L7 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L8 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L9 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L10 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> L1 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L2 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L3 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L4 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L5 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L6 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L7 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L8 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L9 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L10 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> L1 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L2 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L3 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L4 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L5 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L6 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L7 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L8 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L9 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> L10 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> L1 0.03333333 0.03333333
#> L2 0.03333333 0.03333333
#> L3 0.03333333 0.03333333
#> L4 0.03333333 0.03333333
#> L5 0.03333333 0.03333333
#> L6 0.03333333 0.03333333
#> L7 0.03333333 0.03333333
#> L8 0.03333333 0.03333333
#> L9 0.03333333 0.03333333
#> L10 0.03333333 0.03333333
#>
#> $mu
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> L1 0 0
#> L2 0 0
#> L3 0 0
#> L4 0 0
#> L5 0 0
#> L6 0 0
#> L7 0 0
#> L8 0 0
#> L9 0 0
#> L10 0 0
#>
#> $mu2_diag
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> L1 0 0
#> L2 0 0
#> L3 0 0
#> L4 0 0
#> L5 0 0
#> L6 0 0
#> L7 0 0
#> L8 0 0
#> L9 0 0
#> L10 0 0
#>
#> $KL
#> [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $lbf
#> L1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 L9 L10
#> 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $lbf_variable
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> L1 0 0 0 0
#> L2 0 0 0 0
#> L3 0 0 0 0
#> L4 0 0 0 0
#> L5 0 0 0 0
#> L6 0 0 0 0
#> L7 0 0 0 0
#> L8 0 0 0 0
#> L9 0 0 0 0
#> L10 0 0 0 0
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> L1 0 0
#> L2 0 0
#> L3 0 0
#> L4 0 0
#> L5 0 0
#> L6 0 0
#> L7 0 0
#> L8 0 0
#> L9 0 0
#> L10 0 0
#>
#> $V
#> [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $V_structure
#> $V_structure[[1]]
#> outcome1
#> outcome1 1
#>
#>
#> $null_weight
#> [1] 0
#>
#> $pi
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> 0.03333333 0.03333333 0.03333333 0.03333333
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> 0.03333333 0.03333333
#>
#> $prior_mixture_weights
#> [1] 1
#>
#> $sigma2
#> outcome1
#> outcome1 1
#>
#> $Xr
#> NULL
#>
#> $elbo
#> [1] -588.3595 -588.3595
#>
#> $niter
#> [1] 2
#>
#> $converged
#> [1] TRUE
#>
#> $fitted
#> [,1]
#> chr22:32119788:T:C 0
#> chr22:32119867:T:G 0
#> chr22:32119961:T:G 0
#> chr22:32120053:T:C 0
#> chr22:32120593:A:G 0
#> chr22:32120636:T:C 0
#> chr22:32120932:G:A 0
#> chr22:32120975:A:G 0
#> chr22:32121290:C:T 0
#> chr22:32121498:A:C 0
#> chr22:32121635:T:G 0
#> chr22:32121702:A:G 0
#> chr22:32121936:G:A 0
#> chr22:32122351:A:G 0
#> chr22:32122676:A:G 0
#> chr22:32123055:A:G 0
#> chr22:32123164:T:C 0
#> chr22:32123383:T:C 0
#> chr22:32123461:T:C 0
#> chr22:32123806:C:T 0
#> chr22:32124049:G:A 0
#> chr22:32124126:C:T 0
#> chr22:32124147:A:C 0
#> chr22:32124381:G:A 0
#> chr22:32124644:A:G 0
#> chr22:32124683:T:C 0
#> chr22:32124952:C:A 0
#> chr22:32125308:A:G 0
#> chr22:32125638:A:C 0
#> chr22:32125730:G:A 0
#>
#> $intercept
#> [1] 0
#>
#> $X_column_scale_factors
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> 1 1 1 1
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> 1 1 1 1
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> 1 1 1 1
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> 1 1 1 1
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> 1 1
#>
#> $posterior_mixture_weights
#> [1] NA
#>
#> $lbf_outcome
#> [1] NA
#>
#> $lbf_variable_outcome
#> , , 1
#>
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> [1,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [2,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [3,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [4,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [5,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [6,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [7,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [8,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [9,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [10,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24] [,25]
#> [1,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [2,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [3,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [4,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [5,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [6,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [7,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [8,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [9,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [10,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [,26] [,27] [,28] [,29] [,30]
#> [1,] 0 0 0 0 0
#> [2,] 0 0 0 0 0
#> [3,] 0 0 0 0 0
#> [4,] 0 0 0 0 0
#> [5,] 0 0 0 0 0
#> [6,] 0 0 0 0 0
#> [7,] 0 0 0 0 0
#> [8,] 0 0 0 0 0
#> [9,] 0 0 0 0 0
#> [10,] 0 0 0 0 0
#>
#>
#> $conditional_lfsr
#> [1] NA
#>
#> $lfsr
#> [1] NA
#>
#> $single_effect_lfsr
#> [1] NA
#>
#> $sets
#> $sets$cs
#> NULL
#>
#> $sets$coverage
#> NULL
#>
#> $sets$requested_coverage
#> [1] 0.95
#>
#>
#> $pip
#> chr22:32119788:T:C chr22:32119867:T:G chr22:32119961:T:G chr22:32120053:T:C
#> 0 0 0 0
#> chr22:32120593:A:G chr22:32120636:T:C chr22:32120932:G:A chr22:32120975:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32121290:C:T chr22:32121498:A:C chr22:32121635:T:G chr22:32121702:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32121936:G:A chr22:32122351:A:G chr22:32122676:A:G chr22:32123055:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32123164:T:C chr22:32123383:T:C chr22:32123461:T:C chr22:32123806:C:T
#> 0 0 0 0
#> chr22:32124049:G:A chr22:32124126:C:T chr22:32124147:A:C chr22:32124381:G:A
#> 0 0 0 0
#> chr22:32124644:A:G chr22:32124683:T:C chr22:32124952:C:A chr22:32125308:A:G
#> 0 0 0 0
#> chr22:32125638:A:C chr22:32125730:G:A
#> 0 0
#>
#> $outcome_names
#> [1] "outcome1"
#>
#> $variable_names
#> [1] "chr22:32119788:T:C" "chr22:32119867:T:G" "chr22:32119961:T:G"
#> [4] "chr22:32120053:T:C" "chr22:32120593:A:G" "chr22:32120636:T:C"
#> [7] "chr22:32120932:G:A" "chr22:32120975:A:G" "chr22:32121290:C:T"
#> [10] "chr22:32121498:A:C" "chr22:32121635:T:G" "chr22:32121702:A:G"
#> [13] "chr22:32121936:G:A" "chr22:32122351:A:G" "chr22:32122676:A:G"
#> [16] "chr22:32123055:A:G" "chr22:32123164:T:C" "chr22:32123383:T:C"
#> [19] "chr22:32123461:T:C" "chr22:32123806:C:T" "chr22:32124049:G:A"
#> [22] "chr22:32124126:C:T" "chr22:32124147:A:C" "chr22:32124381:G:A"
#> [25] "chr22:32124644:A:G" "chr22:32124683:T:C" "chr22:32124952:C:A"
#> [28] "chr22:32125308:A:G" "chr22:32125638:A:C" "chr22:32125730:G:A"
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "mvsusie"