Assemble cTWAS inputs from S4 GwasSumStats / TwasWeights
Source:R/ctwasPipeline.R
assembleCtwasInputs.RdBuilds the per-block ctwas-shape input set (z_snp,
weights, region_info, snp_map, LD_map, the LD-
and SNP-info loader closures, plus optional z_gene) that the
downstream ctwas steps consume. This is step 1 of the three-step
ctwasPipeline split.
Usage
assembleCtwasInputs(
gwasSumStats,
twasWeights,
twasZ = NULL,
fineMappingResult = NULL,
method = NULL,
variantPruningParam = VariantPruningParam()
)Arguments
- gwasSumStats
A
GwasSumStatswhose elements are LD blocks (at least two), keyed by itsblockIdcolumn, withqcInfo()non-empty. Build it withloadGwasSumStatsFromManifest(..., ldBlocks = <blocks>)and pass it throughsummaryStatsQc.- twasWeights
The per-gene weight source. Either (a) a FLAT
TwasWeights/QtlFineMappingResult(or a homogeneous list of them) carryingregionprovenance – each gene is placed into its home LD block internally bystart(region)(matching cTWAS'sp0assignment rule); or (b) a pre-bucketed NAMED LIST keyed byregion_id(keys a SUBSET ofgwasSumStats's), used as-is. Blocks without any TWAS weights still contribute their SNP-level signal to ctwas's joint group prior estimate (the legacy whole-chromosome pattern where only a few of many LD blocks carry gene weights). A gene whose cis span straddles a block boundary is homed by its single anchor; the cross-block signal is cTWAS's boundary-gene concern (mergeCtwasBoundaryRegions), not placement.- twasZ
Optional
GRangesof TWAS Z-scores (output ofcausalInferencePipeline). When supplied, the per-(trait, context) Z is used as thez_geneinput toctwas_sumstatsso it is not recomputed.- fineMappingResult
Optional
QtlFineMappingResultorGwasFineMappingResultcarrying the per-variant PIP and credible-set membership data used by the CS / PIP rescue filters (csMinCorandminPipCutoff). WhenNULL(default) the smart filters are no-ops; only the magnitude filter (twasWeightCutoff) and the per-gene cap (maxNumVariants, ordered by|weight|) apply.- method
Optional character (length 1). Picks which TWAS method's weights to feed into ctwas for each (study, context, trait) gene. When
NULL(default): use"ensemble"if that method is present across the weight sources; otherwise use the sole method when only one is present; otherwise run every method as an independent cTWAS run (oneCtwasResultrow-set per method). Passing the name explicitly (e.g."mrash") restricts the run to that single method.- variantPruningParam
Which variants survive into each gene's weight matrix, built with
VariantPruningParam:weightCutoff,csMinCor,pipRescueandmaxVariants. Handed whole toassembleCtwasInputs. ThecsMinCor/pipRescuerescues need afineMappingResult.
Value
A list with elements z_snp, z_gene (NULL when no
twasZ), weights, region_info, snp_map,
LD_map, LD_loader_fun, snpinfo_loader_fun, and
resolvedMethod.
Details
The returned list is the SHARED STATE threaded through
estCtwasGroupPriors -> screenCtwasRegions ->
finemapCtwasRegions. Callers can short-circuit at any step
(e.g. override the estimated priors before fine-mapping) or call
ctwasPipeline() for the one-shot path.
Examples
data(ctwasWeightsExample)
ldDir <- system.file("extdata", "ld_reference", "chr22",
package = "pecotmr")
ldStem <- file.path(ldDir, "protocol_example.LD.chr22")
gwasTsv <- system.file("extdata", "manifests",
"protocol_example.twas.gwas_sumstats.chr22.tsv.gz", package = "pecotmr")
mani <- data.frame(study = "gwas1", sumStatsPath = gwasTsv)
blocks <- GenomicRanges::GRanges("chr22",
IRanges::IRanges(c(10000000, 15000001), c(15000000, 19000000)),
blockId = c("chr22_1", "chr22_2"))
gss <- loadGwasSumStatsFromManifest(manifest = mani, genome = "hg38",
ldReference = ldStem, region = "chr22:10000000-19000000",
ldBlocks = blocks)
#> Warning: GwasSumStats[study=gwas1]: no effect-allele frequency declared (map `af: <col>` to export a directional af); top_loci$af will be NA. A directionless `maf`/`FRQ` is used for QC only, never as af.
gwasByRegion <- summaryStatsQc(gss,
panelFilterParam = PanelFilterParam(mafCutoff = 0.0025))
#> [gwas1] QC track: harmonization kept 20 of 20 variant(s) (corrected: sign-flipped 0, strand-flipped 0; dropped 0).
#> [gwas1] QC summary: 20 in -> 20 out | corrected: sign-flip 0, strand-flip 0
#> [gwas1] QC track: harmonization kept 155 of 155 variant(s) (corrected: sign-flipped 0, strand-flipped 0; dropped 0).
#> [gwas1] QC summary: 155 in -> 155 out | corrected: sign-flip 0, strand-flip 0
assembleCtwasInputs(gwasSumStats = gwasByRegion,
twasWeights = list(ctwasWeightsExample))
#> $z_snp
#> id
#> 1 chr22:10685239:C:T
#> 2 chr22:10761227:G:A
#> 3 chr22:11285239:C:T
#> 4 chr22:11601805:G:A
#> 5 chr22:11791698:G:T
#> 6 chr22:11797697:C:T
#> 7 chr22:12044872:A:C
#> 8 chr22:12194389:G:A
#> 9 chr22:12207043:C:T
#> 10 chr22:12350816:G:A
#> 11 chr22:12352464:C:A
#> 12 chr22:12370627:C:T
#> 13 chr22:12383838:G:A
#> 14 chr22:12571373:AGAAAGAAAGAAAGAAAGAAG:*
#> 15 chr22:12571377:AGAAAGAAAGAAAGAAG:*
#> 16 chr22:12571385:AGAAAGAAG:*
#> 17 chr22:12571386:GAAAGAAGGA:*
#> 18 chr22:12571389:AGAAGGAAAGAAGGAAAGAAAGGAAGAAGGAAAGAAG:*
#> 19 chr22:12576050:T:A
#> 20 chr22:12640661:G:T
#> 21 chr22:15574750:C:A
#> 22 chr22:15635104:C:A
#> 23 chr22:15689224:A:C
#> 24 chr22:15773180:G:A
#> 25 chr22:15837995:CTTTCTTTCTTTCTTTTTCTTT:CTTTTTCTTTCTTTCTTTTTCTTT
#> 26 chr22:15838001:TTCTTTCTTTTTCTTTC:TTTTCTTTTTCTTTC
#> 27 chr22:15838002:TCTTTCTTTTTCTTTCTTC:*
#> 28 chr22:15838003:CTTTCTTTTTCTTT:ATTTCTTTTTCTTT
#> 29 chr22:15838003:CTTTCTTTTTCTTT:CTTTTTCTTTTTCTTT
#> 30 chr22:15838010:TTTCTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCCTTCCTTC:TCTTCTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCCTTCCTTC
#> 31 chr22:15839920:G:A
#> 32 chr22:15919156:A:T
#> 33 chr22:15927084:C:T
#> 34 chr22:15947643:T:C
#> 35 chr22:15984722:T:C
#> 36 chr22:16073625:G:T
#> 37 chr22:16102937:C:T
#> 38 chr22:16111042:C:CA
#> 39 chr22:16112049:C:A
#> 40 chr22:16112091:TG:CG
#> 41 chr22:16115854:C:T
#> 42 chr22:16124912:C:T
#> 43 chr22:16132992:A:G
#> 44 chr22:16187126:A:G
#> 45 chr22:16207293:A:G
#> 46 chr22:16214693:C:A
#> 47 chr22:16217062:A:G
#> 48 chr22:16224528:T:C
#> 49 chr22:16234309:C:T
#> 50 chr22:16244919:T:C
#> 51 chr22:16254612:GGAAGGAAGGAAGGAAA:AGAAGGAAGGAAGGAAA
#> 52 chr22:16258960:C:A
#> 53 chr22:16262035:G:A
#> 54 chr22:16262334:GATTCCATTCGATGATTCCATTCA:G
#> 55 chr22:16262336:TTCCATTCGATGATTCCATTCAATTCCATTCGATGATGATTCCATTCGAG:*
#> 56 chr22:16262338:CCATTCGATGATTCCATTCAA:*
#> 57 chr22:16386749:TCCGCCGCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCACCCCCGCCGCCGCGGCTTTTTACCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCCGCCGCCGTGGTTTTTTCCCCCCATCTCACCTCCGCTTTTTGCCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCACCCCGCCTCGGCTTTTTGCCAGCCACGGCTTTTTGCCCCCCGCCACCGCGGCTTTTTGTCCC:*
#> 58 chr22:16386751:CGCCGCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCACCCCCGCCGCCGCGGCTTTTTACCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCCG:*
#> 59 chr22:16386752:GCCGCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCACCCCCGCCGCCGCGGCTTTTTACCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCCGCCGCCGTGGTTTTTTCCCCCCATCTCACCTCCGCTTTTTGCCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCACCCCGCCTCGGCTTTTTGCCAGCCACGGCTTTTTGCCCC:CCCGCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCACCCCCGCCGCCGCGGCTTTTTACCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCCGCCGCCGTGGTTTTTTCCCCCCATCTCACCTCCGCTTTTTGCCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCACCCCGCCTCGGCTTTTTGCCAGCCACGGCTTTTTGCCCC
#> 60 chr22:16400343:T:C
#> 61 chr22:16427771:T:C
#> 62 chr22:16439458:A:G
#> 63 chr22:16442170:G:A
#> 64 chr22:16549730:A:G
#> 65 chr22:16560460:ACAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGCCAGGAAAGCCAGCCTGCCAAGCCAGCCAAGCCAGCCAGCCACTCAAGCCAGCCAAGTCAGCGAGCCAACCAAGCCAGCCAACTCAGCCAGCCACCTAAGCCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCAAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGGCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCCACACAGCCAAGC:*
#> 66 chr22:16560533:TCAAGCCAGCCAAGTCAGCGAGCCAACCAAGCCAGCCAACTCAGCCAGCCACCTAAGCCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCAAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGGCAGCCAGC:CCAAGCCAGCCAAGTCAGCGAGCCAACCAAGCCAGCCAACTCAGCCAGCCACCTAAGCCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCAAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGGCAGCCAGC
#> 67 chr22:16566547:ACAGCCAAGACAGCCAGCCAGCCACGCAAGCCAAGCCAGCCAGCCAGGCAAGCCAGGCATGCCAGCCAAGCCATCCAGCCAGCCAAGCCAGGCGGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCACCCGGCCAGCCAAGCCACCCAAGCCACCCGGCCAGCCAGGCATCCAAGCCAGCCAAGT:*
#> 68 chr22:16566742:CAAGCCAGCCAGCTAGCCAAGCCACCCAGCCAGCCAGCCAGCCAAACCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCAAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCCACGCAAGCCAGCCAGCCAGCCATGCCAGCCA:TAAGCCAGCCAGCTAGCCAAGCCACCCAGCCAGCCAGCCAGCCAAACCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCAAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCCACGCAAGCCAGCCAGCCAGCCATGCCAGCCA
#> 69 chr22:16841646:CAAAAAAAAAAAAAA:AAAAAAAAAAAAAAA
#> 70 chr22:16845585:TCA:TCACA
#> 71 chr22:16909478:TCTCTCC:*
#> 72 chr22:16909479:CTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCT:CCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCT
#> 73 chr22:16909480:TCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCC:*
#> 74 chr22:16909481:CTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCT:*
#> 75 chr22:16970638:G:A
#> 76 chr22:16973012:G:A
#> 77 chr22:17014255:C:T
#> 78 chr22:17051853:C:T
#> 79 chr22:17079499:GAAAAAAA:GAAAAAAAA
#> 80 chr22:17113082:AG:A
#> 81 chr22:17136539:C:T
#> 82 chr22:17154616:CTT:CTTT
#> 83 chr22:17154616:CTTT:CT
#> 84 chr22:17157085:TACACACAC:CACACACAC
#> 85 chr22:17157085:TACACACAC:T
#> 86 chr22:17157085:TACACACAC:TACACACACACACACAC
#> 87 chr22:17157085:TACACACAC:TACACACACACACACACACAC
#> 88 chr22:17157085:TACACACAC:TACACACACACACACACACACACAC
#> 89 chr22:17168884:C:T
#> 90 chr22:17172477:C:T
#> 91 chr22:17187665:TAA:TA
#> 92 chr22:17187665:TAA:TAAA
#> 93 chr22:17187977:G:GC
#> 94 chr22:17209889:AT:ATT
#> 95 chr22:17216769:AAAAC:ACAAAC
#> 96 chr22:17216770:AAAC:ACAAC
#> 97 chr22:17216771:A:AC
#> 98 chr22:17216771:C:A
#> 99 chr22:17216789:C:CACAT
#> 100 chr22:17216799:G:T
#> 101 chr22:17221295:GT:G
#> 102 chr22:17302680:G:A
#> 103 chr22:17303055:C:T
#> 104 chr22:17326841:T:C
#> 105 chr22:17327911:TACACAC:TACAC
#> 106 chr22:17331260:C:CT
#> 107 chr22:17350100:T:C
#> 108 chr22:17375405:A:G
#> 109 chr22:17379581:GGTGT:GGT
#> 110 chr22:17379581:GGTGT:GGTGTGT
#> 111 chr22:17379581:GGTGT:GGTGTGTGT
#> 112 chr22:17379581:GGTGT:GGTGTGTGTGT
#> 113 chr22:17427850:G:T
#> 114 chr22:17429117:G:A
#> 115 chr22:17449676:C:A
#> 116 chr22:17466675:G:T
#> 117 chr22:17469609:TCCAGTAAGAATCCAGTTCTC:TCAGTAAGAATCCAGTTCTC
#> 118 chr22:17469610:TCA:CCA
#> 119 chr22:17518422:C:T
#> 120 chr22:17523010:GAAAAA:AAAAAA
#> 121 chr22:17523010:GAAAAA:GA
#> 122 chr22:17577230:G:A
#> 123 chr22:17585626:ATTTATT:A
#> 124 chr22:17585630:ATT:*
#> 125 chr22:17658972:T:C
#> 126 chr22:17667743:T:A
#> 127 chr22:17683132:CA:C
#> 128 chr22:17683132:CA:CAAA
#> 129 chr22:17687818:CT:C
#> 130 chr22:17706998:A:G
#> 131 chr22:17721525:AT:ATTTTT
#> 132 chr22:17721525:ATTTT:AT
#> 133 chr22:17726847:G:A
#> 134 chr22:17734310:CTT:C
#> 135 chr22:17763207:A:G
#> 136 chr22:17765138:TCAAGACATCCTCCACAGAGGACC:T
#> 137 chr22:17768872:CAA:CA
#> 138 chr22:17768872:CAA:CAAA
#> 139 chr22:17839567:CTTT:CT
#> 140 chr22:17839567:CTTT:CTT
#> 141 chr22:17846396:T:TA
#> 142 chr22:17860245:C:A
#> 143 chr22:17876770:AGTTATGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAAGTTATGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAGGTTATGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAGGTTATGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAG:GGTTATGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAAGTTATGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAGGTTATGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAGGTTATGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAG
#> 144 chr22:17876799:TTATGGAGGTTAGGGAGGTTAG:*
#> 145 chr22:17876802:TGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAGGTTATGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAGGTTATGGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAGGTTAG:*
#> 146 chr22:17876803:GGAGGTTAGGGAGGTTAGGGAGGTTAT:*
#> 147 chr22:17876805:AGGTT:*
#> 148 chr22:17876807:GTTA:*
#> 149 chr22:17876808:TTAGG:*
#> 150 chr22:17876810:AGGGAGGTTAGGGAG:*
#> 151 chr22:17879807:G:A
#> 152 chr22:17880174:G:A
#> 153 chr22:17898107:TAA:TA
#> 154 chr22:17898107:TAA:TAAA
#> 155 chr22:17929265:ATTTTTTTTT:ATTTTTT
#> 156 chr22:17929265:ATTTTTTTTT:ATTTTTTT
#> 157 chr22:17929265:ATTTTTTTTT:ATTTTTTTT
#> 158 chr22:17949102:C:T
#> 159 chr22:17955812:G:A
#> 160 chr22:17967486:A:ACACACACC
#> 161 chr22:17967486:A:ACACACC
#> 162 chr22:17967492:ACCCACACACACC:ACACACACACC
#> 163 chr22:17967494:C:*
#> 164 chr22:17977536:TA:TAA
#> 165 chr22:17998075:G:GTGAA
#> 166 chr22:18001877:A:C
#> 167 chr22:18064272:A:T
#> 168 chr22:18150441:CA:C
#> 169 chr22:18159414:A:G
#> 170 chr22:18160557:T:C
#> 171 chr22:18166484:T:TGA
#> 172 chr22:18173426:C:A
#> 173 chr22:18730960:GTATACATAAGATATATTATATATAATATATTATATAAATGTATTATATATAACATATTATATATAATATATT:*
#> 174 chr22:18731027:T:C
#> 175 chr22:18850784:T:G
#> chrom pos
#> 1 22 10685239
#> 2 22 10761227
#> 3 22 11285239
#> 4 22 11601805
#> 5 22 11791698
#> 6 22 11797697
#> 7 22 12044872
#> 8 22 12194389
#> 9 22 12207043
#> 10 22 12350816
#> 11 22 12352464
#> 12 22 12370627
#> 13 22 12383838
#> 14 22 12571373
#> 15 22 12571377
#> 16 22 12571385
#> 17 22 12571386
#> 18 22 12571389
#> 19 22 12576050
#> 20 22 12640661
#> 21 22 15574750
#> 22 22 15635104
#> 23 22 15689224
#> 24 22 15773180
#> 25 22 15837995
#> 26 22 15838001
#> 27 22 15838002
#> 28 22 15838003
#> 29 22 15838003
#> 30 22 15838010
#> 31 22 15839920
#> 32 22 15919156
#> 33 22 15927084
#> 34 22 15947643
#> 35 22 15984722
#> 36 22 16073625
#> 37 22 16102937
#> 38 22 16111042
#> 39 22 16112049
#> 40 22 16112091
#> 41 22 16115854
#> 42 22 16124912
#> 43 22 16132992
#> 44 22 16187126
#> 45 22 16207293
#> 46 22 16214693
#> 47 22 16217062
#> 48 22 16224528
#> 49 22 16234309
#> 50 22 16244919
#> 51 22 16254612
#> 52 22 16258960
#> 53 22 16262035
#> 54 22 16262334
#> 55 22 16262336
#> 56 22 16262338
#> 57 22 16386749
#> 58 22 16386751
#> 59 22 16386752
#> 60 22 16400343
#> 61 22 16427771
#> 62 22 16439458
#> 63 22 16442170
#> 64 22 16549730
#> 65 22 16560460
#> 66 22 16560533
#> 67 22 16566547
#> 68 22 16566742
#> 69 22 16841646
#> 70 22 16845585
#> 71 22 16909478
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#> 7 chr22:15838002:TCTTTCTTTTTCTTTCTTC:*
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#> 9 chr22:15838003:CTTTCTTTTTCTTT:CTTTTTCTTTTTCTTT
#> 10 chr22:15838010:TTTCTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCCTTCCTTC:TCTTCTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCCTTCCTTC
#> 11 chr22:15839920:G:A
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#> 38 chr22:16386751:CGCCGCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCACCCCCGCCGCCGCGGCTTTTTACCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCCG:*
#> 39 chr22:16386752:GCCGCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCACCCCCGCCGCCGCGGCTTTTTACCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCCGCCGCCGTGGTTTTTTCCCCCCATCTCACCTCCGCTTTTTGCCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCACCCCGCCTCGGCTTTTTGCCAGCCACGGCTTTTTGCCCC:CCCGCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCACCCCCGCCGCCGCGGCTTTTTACCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCCCGCCGCCGTGGTTTTTTCCCCCCATCTCACCTCCGCTTTTTGCCCGCCGCGGCTTTTTGCCCCCACCCCGCCTCGGCTTTTTGCCAGCCACGGCTTTTTGCCCC
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#> 45 ACAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGCCAGGAAAGCCAGCCTGCCAAGCCAGCCAAGCCAGCCAGCCACTCAAGCCAGCCAAGTCAGCGAGCCAACCAAGCCAGCCAACTCAGCCAGCCACCTAAGCCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCAAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGGCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCCACACAGCCAAGC
#> 46 TCAAGCCAGCCAAGTCAGCGAGCCAACCAAGCCAGCCAACTCAGCCAGCCACCTAAGCCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCAAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCAGGCAGCCAGC
#> 47 ACAGCCAAGACAGCCAGCCAGCCACGCAAGCCAAGCCAGCCAGCCAGGCAAGCCAGGCATGCCAGCCAAGCCATCCAGCCAGCCAAGCCAGGCGGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCACCCGGCCAGCCAAGCCACCCAAGCCACCCGGCCAGCCAGGCATCCAAGCCAGCCAAGT
#> 48 CAAGCCAGCCAGCTAGCCAAGCCACCCAGCCAGCCAGCCAGCCAAACCAGCCAAGCCAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCAAGCCAGCCAGCCAGCCAAGCCACGCAAGCCAGCCAGCCAGCCATGCCAGCCA
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#> 47 chr22:16566547:ACAGCCAAGACAGCCAGCCAGCCACGCAAGCCAAGCCAGCCAGCCAGGCAAGCCAGGCATGCCAGCCAAGCCATCCAGCCAGCCAAGCCAGGCGGCCAGCCAAGCCAGCCAAGCCACCCGGCCAGCCAAGCCACCCAAGCCACCCGGCCAGCCAGGCATCCAAGCCAGCCAAGT:*
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